Viele chirurgische Eingriffe lassen sich ebenfalls laserunterstützt durchführen, wie zum Beispiel die Wurzelspitzenresektion oder die Entfernung störender Lippenbändchen. Die Behandlung ist dabei schmerzärmer, wodurch weniger Anästhesie erforderlich ist. Bei Operationen im Weichgewebe ist in der Regel keine Naht erforderlich, was die Narbenbildung vermindert. Durch die atraumatische Behandlungsweise und die antibakterielle Wirkung des Lasers sind außerdem weniger posttraumatische Schmerzen und Schwellungen zu erwarten.